Na terenie Nadleśnictwa Manowo znajdują się trzy obszary objęte ochroną w ramach Europejskiej Sieci Natura 2000:

Dolina Radwi Chocieli i Chotli (PLH 320022). Obszar zatwierdzony przez Komisję Europejską decyzją z dnia 12.12.2008r. Na terenie nadleśnictwa znajduje się jego stosunkowo niewielka część, 3360 ha stanowiących jedynie ok. 15% mającej blisko 22 tys. ha powierzchni. Obszar obejmuje dolinę Radwi i doliny jej największych dopływów: Chotli i Chocieli, począwszy od obszarów źródliskowych aż po strefę ujściową do rzeki Parsęty w Karlinie. Największa koncentracja zjawisk źródliskowych na Pomorzu, strome wąwozy i jary, ogromne nisze źródliskowe, rozległe w dolinach rzecznych lasy łęgowe o charakterze źródliskowym, unikalne torfowiska alkaliczne, przejściowe, poligeniczne, a także tarliska ryb łososiowatych oraz liczna populacja głowacza białopłetwego to jedynie kropla w morzu przyrodniczych ciekawostek jakie kryje Dolina Radwi Chocieli i Chotli.

Wiązogóra (PLH 220066). Obszar zatwierdzony przez Komisję Europejską decyzją z dnia 10.01.2011r. W ostoi znajduje się 12 kompleksów roślinności bagiennej (od 0,3 ha do 58 ha), obejmującej torfowiska przejściowe, wysokie, brzeziny bagienne i jeziora dystroficzne. Poza niewielkimi fragmentami kwaśnych buczyn i dąbrów w części zachodniej obszaru, na pozostałym terenie pagórkowaty krajobraz między mokradłami pokrywają suboceaniczne bory sosnowe. Występuje tu obfity zestaw torfowiskowych gatunków roślin naczyniowych, w tym szereg zagrożonych w skali krajowej lub regionalnej oraz gatunków chronionych. Ze względu na mozaikę siedlisk torfowiskowych i borowych obszar ten wyróżnia się różnorodnością faunistyczną (w skali lokalnej znajduje się tu najbogatszy zespół awifauny i najważniejszy obszar lęgowy płazów).

Mechowisko Manowo (PLH 320057). Zatwierdzony przez Komisję Europejską decyzją z dnia 10.01.2011r. Obszar obejmuje bardzo dobrze wykształcone torfowisko poligeniczne - mechowisko, położone w dolinie rzeki Dzierżęcinka. Dobrze zachowane mechowisko, z kompletem gatunków, w tym z liczną populacją lipiennika Loesela i sierpowca błyszczącego, a także ze stanowiskiem Vertigo angustior, stanowi wybitną koncentrację walorów "naturowych" w jednym, niewielkim obiekcie.